现已成为一家具有传统医疗特色，具备现代医院功能的集医疗、预防、教学、科研、康复为一体的县（区）级综合性中医院。目前开设临床一级科室15个，二级专科22个，医技科室12个，病区8个，建有重症监护中心、康复医学中心及血液透析净化中心。拥有全身螺旋CT扫描机、电子胃镜、腹腔镜及区内首台高压氧舱等现代化设备。是杭师院医学院、浙江中医药大学的教学和实习基地。曾先后获全国示范中医医院、文明中医院、省先进中医院、省卫生先进单位、省治安安全单位、爱婴医院、市绿色医院等荣誉称号，2005年9月顺利通过二级甲等中医医院复评。
近年来，通过加大人才引进和培养力度，加强设备的投入，强化专科专病建设，坚持走中西医结合发展之路，使医院整体诊治技术和服务水平有了很大提高。如骨伤科被列为省级中医重点建设单位，2005年度通过区二级重点专科验收；中医眼科为区特色专科；同时建立和发展了一批院级重点专科如脑外科，消化内科，妇产科，肾病内科等；2005年5月与中国中医研究所（现更名为中国中医科学院）签订医学合作协议，就中医疑难杂症治疗、康复治疗、中医眼科嫁接、人才培养、科研合作等多方面展开广泛深入合作，并开设名医馆，邀请全国知名专家及省、市名医名家定期或不定期坐诊名医馆，为缓解余杭区老百姓“看名医难”作出了贡献。
杭州市余杭区中医院将坚持“中西医并重、中西医结合，融祖国医学之特色，贯现代医学之精华，建现代化中医院”的办院方向，坚持“以诚信为基石，视质量为核心，和谐可持续发展”为办院宗旨，遵循“团结，敬业，创新，奉献”的院训，在前进中不断寻找新的发展契机，使原有中医事业再上一个新台阶，更好地为人民群众健康服务。