医院占地面积11760平方米，建筑面积25000平方米，床位设置500张，设内、外、妇、产、骨科、中医等九个病区，有老年医疗、老年护理病房、康复训练室，还有装备**、环境幽雅的“A级病房”为内外宾提供全程优质服务。日门诊量可容纳3000人次，设内、外、妇、儿、眼、中医、口腔、皮肤、五官、放射、检验、诊断等临床医技科室23个。中医科被评为北京市示范中医科（北京市6个示范中医科之一）。
医院拥有CT机、高压氧舱、心脑彩超、多功能B超、血液透析机、碎石机、骨关节镜、胃镜、全自动生化分析议、血气分析仪、心导管、ICU、CCU监护系统等现代化医疗诊断治疗设备。能开展针对心、脑血管病的溶栓治疗，外科的门静脉分流术、食道癌、前列腺手术、人工股骨头置换术、妇科腹式、阴式子宫切除术、眼科人工晶体植入术等。
回民医院作为中国与世界各国往来的窗口，经常与穆斯林国家开展学术交流并提供医疗服务，医院配有穆斯林营养师，设有“割礼”专台门诊、穆斯林沐浴、礼拜堂等设施，被卫生部指定为对外重点服务的医疗单位之一，是首都精神文明先进单位，是首都民族团结进步模范单位。