上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心是上海市人民政府与世界健康基金会（ProjectHOPE）的合作建设项目。
医院坐落于浦东东方路上，是一所集医疗、科研、教学于一体的儿科医院，占地100亩，总建筑面积5万多平方米，核定病床358张，拥有**的楼宇自动化设备和完备的医疗保障设施，担负着上海和全国各地患病儿童以及来华外籍人士子女的医疗工作。医院被列为上海市“九五”期间社会发展的标志性项目、上海市重大工程建设项目和上海市人民政府实事工程之一，也是世界健康基金会全球**的合作项目，江泽民同志欣然挥笔提写了院名。1998年6月30日，美国总统夫人希拉里女士为医院开张剪彩。
2006年，是上海儿童医学中心“十一.五”规划的开局年。良好的开端是成功的一半，上海儿童医学中心在过去的一年中，迈着矫健的步伐成功地走完了她第八个年头的路程，为今后的发展开阔了道路，夯实了根基。全院职工同心同德，恪尽职守，医院建设继续保持良好的经营业绩和发展势态，交出了社会效益和经济效益双丰收的满意答卷。
2006年度，医院完成门急诊人数760342人次，比去年同比增加 8.9%；出院总人数10970人次，比去年同比增加4.7%；住院手术总数6004人次，比去年同比增加11.3%；医院床位使用率110.77%，比去年提高3.5%；床位周转率38.63次/床/年，比去年同比提高1.73次/床/年；药占比继续控制在30%以下。
**学科亮点纷呈：心胸外科的手术例数达2033例，继续保持全球儿童医院之最；血液肿瘤科骨髓移植例数高达38例，取得了前所未有的新突破。5月，来自河南郑州的联体兄弟在我院成功接受了分离手术，从此踏上了“独立”人生，受到了全社会的广泛关注。6月，来自安徽的世界首例三臂男婴小杰杰在我院成功接受手术，告别了“第三条手臂”，引起全球关注。
2006年医院的科研和教学工作取得了丰硕的成果。影像诊断中心朱铭主任主持的课题“儿童先天性心脏病影像诊断新技术应用研究”荣获上海市科技进步三等奖、上海市医学科技三等奖。医院获得国家自然科学基金项目7项，上海市科委项目3项，上海市教委项目2项，上海市卫生局项目5项，上海交通大学医学院基金项目7项。
全院共计172篇学术和管理论文发表在国外和国家统计源性专业期刊上，其中SCI收录7篇。
医疗卫生行业是社会主义精神文明建设的重要窗口，也是构建和谐社会一个重要组成部分。上海儿童医学中心在过去的一年中扎实推进精神文明和行风建设，努力为广大人民群众提供良好的医疗卫生服务。医院精神文明工作紧密结合卫生部“医院管理年”具体活动要求，切实转变工作作风和服务态度，在构建和谐医院进程中进一步创建良好的医患关系； 重点做好治理医药购销领域商业贿赂工作，注重加强医务人员的职业道德教育；大力宣传先进人物的**事迹，发挥榜样示范作用，使我院的精神文明建设工作取得长足的进步。心胸外科荣获“全国五一巾帼奖”。
2006年，医院继续开展各种丰富多彩的志愿者活动， 并在传统志愿者系列活动的基础上，拓宽工作思路，创新出新的志愿者服务形式。新春到来之际，我院与上海大剧院艺术中心、上海音乐厅联合举办了“阳光爱心新年音乐会”，37位白血病患儿、部分其他住院患儿、志愿者们在门诊大厅欢聚一堂，尽享艺术家们呈献的精彩演出。
六一前夕，在上海市中小学生、婴幼儿住院医疗互助基金成立十周年之际，以“拥抱快乐”为主题的上海儿童医学中心第九届儿童健康节隆重拉开帷幕。上海市政协副主席、上海市红十字会会长谢丽娟女士出席活动并讲话。数百名少年儿童在家长的陪同下参与了专家咨询大型活动和丰富多彩的健康节项目。
6月1日，上海市副市长严隽琪女士在上海市妇联主席孟燕堃女士、上海市卫生局副局长蔡威教授陪同下来我院“阳光小屋”探望白血病患儿，并为在上海儿童医学中心2005年“生命小战士绘画比赛”中得奖的患儿颁发奖状。
自开院以来，每一年都可谓上海儿童医学中心的“国际年”。2006年，医院继续扩大了与国外医疗机构和国际友好组织与个人的交流与合作，年内共接待了包括塞浦路斯总统夫人在内的20余批百余名来院进行访问的国际友人和国外专家。年内医院选送了22名医护人员赴美国、以色列、挪威等国家进行为期三个月以上的培训，为医院今后的可持续发展奠定扎实的基础。医院举办了“第四届国际小儿肿瘤协会亚洲会议暨第六届中国小儿肿瘤学术会议”、“第三届中国先天性心脏病介入治疗暨手术演示学术会议”等大型国际会议，进一步丰富了国内外医院间的学术交流。
2006年我院共有50余人次医护人员应邀赴国外参加国际会议，学习交流，在国际舞台上凸显身影。
今年，医院的国际医疗合作空前频繁。9月，小儿骨科又一次与美国辛辛那提儿童医院脊柱外科专家们合作，用全球**的微创技术为六名中国脊柱侧弯患儿实施纠正手术。
我院心胸外科的医生们与美国斯坦福大学的心脏外科专家们一起开展了肺动脉闭锁、室间隔缺损伴大侧枝形成作一期根治术等多例疑难复杂手术，填补了国内空白。
12月，来自美国阿肯色儿童医院和阿肯色癌症研究中心的专家们与我院外科医护人员精诚合作，为与“肿瘤恶魔”奋战十六年的陕西女孩争取重生的希望。
一切为了孩子，为了孩子的一切。上海儿童医学中心走过的路，是一个不断改革、不断探索的过程。在社会各界的关怀和支持下，上海儿童医学中心如同孩子般茁壮成长，踏着健壮的步伐，以出色的成绩为公众服务，报答社会的养育之恩。