羊坊店医院有着悠久的历史,可上溯到二十世纪初期的1911年,当时被称为平津铁路管理局医院。新中国成立后更名为北京铁路管理局医院。
1958年,成为隶属于铁道部铁路总医院的东华门门诊部。
1985年,东华门门诊部从铁路总医院分离出来,成为北京铁路局东华门医院,并管辖北京铁路局沿线22个卫生所保健站,负责北京铁路分局管区内24万铁路职工和家属的医疗预防保健任务。
2001年为了更好的服务路局职工,医院从东华门迁至现在的海淀区羊坊店双贝子坟路1号,更名为北京铁路局羊坊店医院。
2004年6月,因国家医疗体制改革,医院与铁路系统脱离,被整体移交至海淀区卫生局,成为**批移交至地方政府的企业医院。
2005年6月,正式更名为北京市羊坊店医院。
2005年12月医院转为隶属于新成立的海淀区政府公共服务委员会。
2006年12月19日,正式挂牌成为“惠民医院”。