医院多次主持或参与了国际、国内的大肠肛门疾病学术会议，编辑出版《大肠电子内窥镜诊断图谱》等医学文献。近年医院在传统治疗基础上积极开展新技术新方法的应用，获市级、区级科研成果奖15项，国家专利4项。医院在采用传统、PPH的方法治疗痔的同时，开设电脑多功能肛肠治疗；低位直肠癌保肛手术配合术后化疗提高患者五年生存率和生活质量；结肠镜下大肠息肉电切除术极大减轻了患者开腹手术治疗的痛苦；对便秘诊断分型治疗的研究取得满意的进展；肠道局部药物喷洒和中西医结合治疗炎性肠病取得较好的疗效。在治疗复杂肛瘘、肛周脓肿和坏死性筋膜炎方面医院积累了丰富的临床经验。医院拥有肛肠专业检查治疗设备：电子直肠镜、电子乙状结肠镜、肌电图直肠测压机、直肠腔内彩色超声仪、高频遥控X-RAY造影机、计算机成像系统（CR）、数字化图象处理系统、多功能电脑肛肠治疗仪、结肠灌洗仪、肛肠药浴治疗仪等。开发研制的20余种院内特色制剂（复方白芨液、腐植酸钠、消炎栓、止血栓、止痛栓、复方丁卡因软膏、枯痔液等），有着良好的治疗效果。
医院设有内科、外科、妇科、中医科、口腔科、眼科、五官科、骨科，针灸科、皮科、保健科等科室，并积极开展社区卫生服务，开设德胜、二龙路社区卫生服务中心，下设九个社区卫生服务站，提供多方位的卫生服务。
医院积极筹建内窥镜诊疗中心、水疗中心、制剂中心、会诊中心、信息中心及研究所，打造新模式的北京市肛肠医院，为人民群众提供满意的医疗服务需求。