近年来，科研工作也有了新突破，2012年获3项国家自然科学基金项目立项、卫生部自然科学基金1项、自治区自然科学基金6项、新疆医科大学科研创新基金14项。2012年共发表论文252篇，其中核心期刊78篇，SCI收录2篇。,医院拥有西门子双源炫速CT、1.5T MRI和西门子最新型DR、大型C型臂数字减影机、心脏彩色多普勒超声诊断仪、瑞典金宝双极反渗水处理系统及血液净化设备、全自动生化分析仪、体外碎石机、医用直线加速器、输尿管肾镜与气压弹道碎石机、前列腺汽化电切及腹腔镜、关节镜、间盘镜，尿流动力学分析仪等自治区一流的现代化医疗设备，先进的设施装备使优质的医疗服务有了保障。

新医大五附院是自治区唯一一所拥有职业病临床床位的大型综合医院，是自治区医保、乌鲁木齐市医保、铁路医保、兵团医保、商业保险、新农合、全疆各地州职工城镇医保的定点医疗机构，是中西部地区儿童先天性疾病和贫困白内障患者复明救治定点医疗单位，是新市区牙病防治中心、自治区白内障定点复明医院，曾获全国卫生文明建设先进单位、自治区卫生红旗单位，并连续20年荣获“自治区文明单位”荣誉称号。