肛肠医院位于沈阳市和平区十一纬路35号，拥有床位260张，专业技术人员160名。专科设备先进，诊疗技术上乘，服务功能完备，专家教授知名。门诊设有痔瘘专科门诊、大肠内科门诊、大肠外科门诊及肛周皮肤科门诊等科室；病房设立肛肠病一、二、三住院病区、大肠内科住院病区及大肠外科住院病区；拥有电子结肠镜、大肠水疗、肛门直肠镜、肛门直肠压力测定、数字胃肠x光机、彩超等先进的大型仪器设备及齐全的临床科研实验室。拥有一个国家二级实验室。
肛肠医院每年收治大量病人，年门诊量达30000余人次，住院患者近3000人次，收治病种几乎涵盖了肛肠专科的所有疾病，各类大肠炎性疾病、重度痔疮、便秘、肛周脓肿、高位复杂性肛瘘、肛周皮肤瘙痒症等临床常见疾病的中医及中西医结合诊断率、治疗率均达到国内先进水平，同时可开展无痛肠镜检查、大肠水疗、大肠息肉镜下电切、大肠良恶性肿瘤手术、家族性息肉病手术、pph术等先进的诊疗方法，为广大患者提供优质低价的服务，获得良好的医疗效果及社会评价。
肛肠医院在取得良好的经济效益的同时，始终坚持为病人“服好务、治好病、少花钱”的宗旨，认真履行对病人的各项承诺，拒绝“红包”，杜绝“吃、拿、卡、要”，发扬高尚的医德医风，树立医院的良好形象，在辽宁省内颇具影响，2005年2月经中国社会经济调查所经济调查部调查，医院被评为“辽宁社会信誉医院”。同年3月正式向社会公布医院对病人的“十六项承诺”，切实做到诚信服务。
肛肠医院是中华中医药学会确定的东北三省继续教育基地，多年来一直坚持对专业技术人员的培训和继续教育，目前已举办了4期全国肛肠病**诊疗技术培训班，培训来自全国20多个省市地区的专业技术人员200余名。医院始终注重对临床见习医师和进修医师的培训和带教，由专人负责，安排主治医师或研究生学历以上的临床医师亲自执教，定期组织业务学习、专题讲座和手术观摩，使学员能够全方面的接触临床，专业技术水平迅速提高。
肛肠医院拥有一支医教研全面发展的专业人员队伍，拥有博士研究生导师1名，硕士研究生导师2名，博士研究生2名，硕士研究生18名，辽宁中医学院科技拔尖人才1名，辽宁中医学院**青年技术骨干1名。承担**科研课题1项，省级科研课题6项，获得辽宁省政府科技进步二等奖、三等奖各1项，出版学术专著5部，发表**学术论文100余篇，研发自制中药制剂12种。
肛肠医院“两个重点”和“一个机构”的建设，即国家局级重点学科，国家“十五”重点专科，国家药物临床试验基地（gcp）的建设，使医院的整体水平得到了明显提高。建立健全了各项规章制度和操作规程，逐步完善各个职能科室的功能设置，对医院各个环节实行规范化、系统化管理，以“科学发展观”为指导思想，以“学科专科立院、诚信服务强院、规范管理治院、科学技术兴院”为发展理念，以“建好大专科、强化多功能、打造精品医院、提升两个效益”为发展目标，全力打造辽宁中医药大学的精品附属专科医院。