院本部形成了以神经科学、肿瘤学、脂糖代谢、眼科及免疫学等为代表的“五大优势学科群”。设有临床医学博士后流动站、博士学位授权点32个、硕士学位授权点35个。已建成国家级重点学科2个(传染病学和神经病学)、国家中医药重点学科1个,省(市)级临床医学一级学科重点学科1个(下含17个二级学科)、重庆市医学重点学科11个,省部级重点实验室5个。主办有统计源期刊《中华内分泌外科杂志》。近年来承担包括国家973项目、国家高新技术研究发展计划(863计划)、国家自然科学基金重点项目、“十一五”国家科技重大专项计划等各级纵向科研课题1265项,获得国家科技进步二等奖、重庆市科技突出贡献奖在内的各级科技成果奖54项,在科技统计源期刊上发表的科技论文数居全国医疗机构第6位。,院本部拥有PET-CT、炫速双源CT、64排螺旋CT、3.0T MRI、1.5TMRI、DSA、高强度超声聚焦肿瘤治疗系统、影像引导放射治疗系统(RGRT)等国内一流的大型医疗设备。