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近年来，获得包括国家“973”、“863”、“十五”、“十一五”攻关项目，自然科学基金等国家计划项目1000余项，2012年获得科研项目经费 2.4亿元;1999年以来获各级政府科技奖150余项;申请专利200余项，获专利授权150余项;发表科技论文名列全国医疗机构前茅，其中被SCI和 MEDLINE收录和表现不俗科技论文连续多年名列全国第一;在复旦大学2009年度、2010年度、2011年度中国最佳医院排行榜上，连续三年以科研得分20分名列全国第一。有9种学术期刊在院，均为中国科技论文统计源学术期刊，其中3种被MEDLINE数据库收录。,拥有全球最先进的全飞秒屈光矫正系统、308准分子光治疗仪、 锝气发生器、肺部震荡反应成像系统、呼出气冷凝液采集仪、呼出气一氧化氮检测仪、直线加速器、Pinnacle计算机三维放射治疗计划系统、放射治疗模拟定位机等设备。